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中研院士、台大醫學院臨床醫學研究所教授陳培哲表示，翁啟惠事件、院長遴選爭議，凸顯中研院現在內外都有很大問題，需要大力改革，但從事情爆發至今，中研院內部卻「鴉雀無聲」，看不到任何自省能力和具體改革動作。他呼籲，總統應出面要翁啟惠停職，靜待調查。

陳培哲認為，既然中研院內部無法自我反省，就得靠外部去改革。中研院隸屬總統府，只有總統府可以管得了，「府方應該給中研院一個教訓」；以院長選舉為例，既然遴選過程有瑕疵和爭議，總統府應大刀闊斧退回、要求中研院重選。

林長壽則痛陳中研院太為了拚經濟服務，他舉例說，中研院可以專注生技的研究，但不必花很多資源在技轉、拚經濟，還在南港成立生技園區，當學術和生意攪在一起時，就廚房翻修容易變質，中研院只要做出一流研究，就對國家有貢獻，拚經濟的事就由其他人去做。廚房整修

中研院前院長李遠哲認為，中研院不應躲在象牙塔做研究，不關心國家社會；林長壽表示，關心不代表要介入和主導，例如看到政治迫害、人權、環保、教改台灣電動床工廠等爭議，中研院要發聲「講對的事」，但做這些事不能偏離研究的本質。

談到政治力介入，林長壽不諱言，任何人都不可能與政治完全切割，台灣的政黨和政治人物常為一己之私把手伸進來，但如果院長回到學術本業的初心，就不會跟政治和利益糾葛在一起，「老百姓又不是瞎子，做研究還是拚經濟，人家會看不出來嗎？」

中研院院士、台大醫院肝炎研究中心主治醫師陳定信表示，中研院的研究員不能只埋頭做研究，當前台灣經濟不好、制度上的問題，做學問的人也要關心，如果研究能給產業使用、讓經濟好轉，這是好的。

陳定信說，翁啟惠因為長年在美國做研究，美國的尺度和台灣不一樣，不小心在灰色地帶踩到紅線，他現在處境很慘，「這讓我們學到這一課」，但也不能因噎廢食只專心做研究，不去思考研究能否有貢獻，這要從制度上去著手。

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